Science

遺伝学用語改定？

admin

ツイッターで流れてきた情報だが、日本語の遺伝学用語が改定になるかもしれないらしい。（日本語の新聞サイトは定期購読していないので出だししか読めないのだが、別に有料部分に記事の出だしとは反対の結論が書いてあるとも思えないので、わたしの読んだ部分に記事の必要部分はすべて凝縮されていると思う。）

「劣性遺伝」「優性遺伝」などという言葉は、どちらの性質が見た目（表現型）に出るかだけのことで、遺伝子そのものの優劣を表す言葉ではないが、それをよく知らない人が聞いたら誤解するかもしれない、というのが理由だという。

しかし、いちおうプロの立場として言わせてもらうと、「優性」「劣性」などという表現そのものが、「遺伝」が抽象概念でしか捉えられてなかった時代の遺物であり、遺伝子の実態（ほとんどの生物でDNA）が理解されており、なおかつ多くの遺伝子で、なぜ一方の表現型のみが見た目に出るのかという仕組みが解明している現代では、特に学習初期（高校生物とか大学学部生向けの生物とか）にこのような単語を使った古典遺伝学を教えることは、学習者を混乱させるばかりで何もメリットはないのではないかと思う。「遺伝学の黎明」としてメンデルのお話を教えるのはいいとして、それはあくまでとっかかりの「お話」であって、本当に遺伝学を理解させることが目的なら、遺伝子はDNA上にコードされていること、DNA配列の違いが遺伝子の産物にどういう影響を及ぼすか、それがどういう表現型につながるかを現在の知見で説明する方がよほどわかりやすいのではないか。（そもそも遺伝の概念はメンデルよりもずっと古くからあった。家畜や農作物の品種改良は人々が無意識のうちに「遺伝」を理解していたことの証左だ。）

例えば、最初にリンクを貼った新聞記事には「髪の色なら濃い色は薄い色に対して優性だ。一方が黒髪で、もう一方が金髪なら子どもは濃い色の髪になる。」とあるが、これはあまり適切な例ではない。黒髪と金髪の子供なら、真っ黒よりは栗色の髪になることも多い。ところがマウスの場合、茶色いマウスと黒いマウスをかけ合わせると、仔は茶色になることもある。これはマウスの毛の色を決める遺伝子が１つでなく、複数の遺伝子の組み合わせで決まるからなのだが、これを古典遺伝学の「優性」「劣性」で解き明かそうとするのは、いわば中学入試の算数の問題を方程式を使わずに解けというようなもので、受験者の頭の回転を見るにはいいかもしれないが、本質の理解を問うなら方程式で解けばいいのである。

用語の云々といった小手先のことよりも、もっと他に考えることはあると思うんだけどね。

緑藻細胞にイオン流入

admin

ツイッターを眺めてたら、あんまりにトンデモな記事のリンクが貼ってあったので仰天。→＊

それもスポーツ誌やゴシップ誌ならともかく、いちおう日経なんだからショックも大きい。（あまりに恥ずかしい記事なので早々にサイトから撤去されると思いきや、１２時間以上たってもまだ平然とアップされたまま。万が一、撤去されたときのために、スクリーンショットを撮ってしまった。）

ちなみにこちらが東大が発表したプレスリリース。→＊

ついで、これもツイッターで教えてもらったのだが、マイナビというところにはもうちょっとマシな記事が出ている。

一読するまでもなく、日経サイトの記事を書いた人が何も理解してないことは明らかなのだが、どうしてこんなことになるのかちょっと考えてみた。

もちろん日経程度の規模の新聞社に、ちゃんとした科学記事の書ける記者がいないのは論外だと思うのだが、東大のプレスリリースも、これは高校程度の生物の知識しかない人は言うまでもなく、大学（学部生）で生物を専攻しても、この分野が専門でなければ何を言ってるのかわからないのではないだろうか？レベルとしては、膜タンパク構造あるいは神経生理専門の学会のポスターの内容だと思う。マイナビの方も、東大のプレスリリースを少し噛み砕いた表現にしているだけで、非専門家にわかりやすいとは思えない。

わたしがこれを一般向けに書きなおすとすれば、以下のような展開にする。

  1. ロドプシンって知ってますか？ロドプシンがないと、目が見えません。
  2. 驚いたことに、ロドプシンと同じような仕組みは、「目」のある動物だけじゃなく、緑藻のような生物にもあるのです。
  3. 緑藻ではロドプシンはこんな役割を果たします。最近では、その仕組みを利用して、動物実験で神経細胞の働きを調べるのに使われるようになりました。
  4. 東大のグループが、この緑藻由来のロドプシンの３次元構造を解明しました。
  5. ３次元構造が解明されたおかげで、これまでできなかった「あんなこと」や「こんなこと」も出来るようになると期待されています。現在は基礎研究のツールですが、こういった実験を重ねていくと、将来的には神経疾患の原因究明や治療に役立つとのことです。

一般向けの記事には、結晶構造解析にどこのＸ線マシンを使ったかなんて関係ないし、タンパクが二量体かどうかなんかも関係ない。グルタミン酸がイオンチャンネルを形成すると書かれても、「グルタミン酸って味の素だっけ？」くらいのもの。

国民のサイエンスリテラシーがどうの、と言うけれど、アカデミア側も一般社会側も、相手任せにして文句ばかり言ってもギャップは埋まらない。お互いに歩み寄る努力をしないと。

ヘッドハントのこと

admin

MSN産経産経ニュースから。

「東日本大震災後に、海外の大学や研究機関から東京大や東北大の研究者らにヘッドハンティングを働き掛けるメールが相次いで届いていることが７日、分かった。

鈴木寛文部科学副大臣が大学関係者から聞いた話として同日の記者会見で明らかにした。日本での研究活動に制約があると決めつけた「風評被害」だとして不快感を表明した。」

わたしが東北大関係者から聞いた話では、同大学の医学部などは実験施設に大きな被害を受けて、今すぐに実験が再開できる状態でないという。他分野のことは知らないが、バイオ系では実験機器が破損すれば当然のこと、実験ができない。たとえ破損を免れた機器があっても、衝撃で調整が狂い、再調整するまで動かせないものも多いだろう。今のところ大きな被害は免れた東京だって、電力供給の先行きが不明だ。ラボというのは、とにかく電気を食う。その事実を前にして、「風評被害」とはこれ如何に？

いったん、それも旧帝大系のファカルティーポジションに就いたら、そこからあまり動かない日本とは違い、アメリカでは、条件の良いところがあれば、どんどん移動するのは普通である。ハリケーンで施設が壊滅した、新しく来た学部長の方針が気に入らない、天変地異から個人の事情まで、ありとあらゆる理由で人がどんどん入れ替わる。もちろん自分の意思とは関係なく、動かざるを得なくなる人もいる。しかし、何かあった時に自分の都合で動けるのは、他所の大学にとって魅力ある人、つまり、潤沢な研究資金を持ち、良いペーパーを出し、業界の第一人者と見なされている人である。悪条件下で動かない人は、「動かない」のではなく「動けない」と見られることさえある。

また、本人は異動する気はなくても、わざと他所からのオファーをもらって、それを現職施設での待遇改善（昇給、昇進）の交渉材料にするのはあたりまえである。日本の研究者にオファーを出している海外施設は、もしかしたらそういった交渉材料に使えるように、という「親切」でやっているのかもしれない。残念ながら日本のお役所にはそういった機微は通じないだろうが。

この発言をした人は、「風評被害」という言葉の意味を本当に知っているのだろうか？

善意であることはわかるのだけど…

admin

ツイッターで流れてきた情報で、Susan G. Komen for the Cure という非常に大きな影響力を持つ乳がん支援団体でちょっと微妙な署名集めが行われていることを知った。

リンクはここ。 –> ＊

もしかしたらこのページは閉じられるかもしれないので、スクリーンキャプチャーを貼っておく。（画像をクリックすると大きくなります。）

大雑把な内容は以下の通り（意訳）:

「日本におけるガン死を防ぐために署名にご協力を」

原発事故により日本でガンが爆発的に増える恐れ (looming cancer crisis (訳注: これはかなり刺激の強い表現)) があります。国際コミュニティが今、ここで声を高くして、日本を援助しましょう。

過去の原発事故による放射能被ばくによって、大勢の方がガンで亡くなりました。日本はチェルノブイリの再現になる恐れがあります。(訳注: こら、何を言うか！) スリーマイルでも、発電所近辺住民のガン発生率は高くなっています。被ばく量により、白内障、ガン、先天的障害などが起こる可能性があります。

このような悲劇を繰り返してはなりません。

この署名活動に参加して、今回の事故の詳細、放射能データなどが公開されるよう、協力してください。（後略）
————-
ちゃんと読めば、言ってることは真っ当なのだけど、ちょっと斜め読みした場合、「えっ、今日本に住んでる人は、もう危ないんだって？？？」という印象を招きかねない。つまり、おバカな健康保険会社の連中が、こういう情報を中途半端に理解して、「２０１１年３月に日本に住んでた？はい、あなたはガンリスクが高すぎるから、普通の健康保険に入れません。ハイリスク向け保険を申請し直してください」などということになりかねないのである。

いちおう、この団体のサイトから、このページの文言はちょっと刺激的すぎること、早とちりした健康保険会社が日本から戻ったアメリカ人の健康保険差別をする恐れすらあること、さらに、放射線量データはすでに政府のサイトに公表されているから、それを参考にすればいいことなどを書いてメールを送ったけど、一般雑魚市民にどのくらいの影響力があるのかはよくわからない。

ときには、善意ほど始末の悪いものはない。

Bad Project （ビデオ）

admin

昨日ツイッターで流れて来て、あっという間にサイエンス関係の人たちの間で大評判になったビデオです。同業者でないと何が面白いのか今ひとつ掴めないかもしれませんが、わたしはメチャクチャに笑わせてもらったのでリンクしておきます。

元歌は Lady Gaga の Bad Romance だそうですが、わたしは Lady Gaga を見たことがないので、これがどの程度の出来なのか評価できません。

いくつかポイント
１分２６秒　ー　彼女が求める恋人は、生物系最高峰とされる学術雑誌 Cell （に自分の論文を発表すること）。
１分３１秒　ー　頭のリボン、肩に付いているオレンジの飾りは、どちらも小型の biohazard bag （細菌やウイルスの付着している可能性のあるゴミを捨てる専用の袋）。スカートは大型の biohazard bag。
２分２６秒　ー　このブルーの衣装は、俗に diaper （オムツ）と呼ばれる吸水バッド。実験するときに自分のベンチが汚れないようこれを敷き、汚れたら捨てます。２分５２秒に再登場。
２分３８秒　ー　チューブに貼られた中国語のラベルは、骗人(liar)，实验室不给力(the lab is ungeiliable），没前途(no future)，老娘要毕业(just wanna fucking graduate). PS: ungeiliable is new term that stand for “meaningless” recently in China – kinda cool word なんだそうな。「嘘つき！このラボ終わってる！お先真っ暗！はよ卒業して〜よ〜！」というところ？
２分５２秒　ー　後ろのコーラスの着ている黄色いのは、動物舎などでよく使われる使い捨ての白衣。背後の肖像画は 心臓外科の神様、 DeBakey 先生かな？（このビデオをプロデュースしたのは Baylor のラボらしいので。）
３分３２秒　ー　指に付いてる長い付け爪みたいなのは、ピペットチップと思われる。
３分３３秒　ー　頭の飾りはウエスタンを現像したあとのフィルム。３分４４秒にもたくさんの（失敗とおぼしき）フィルムを纏って登場。
４分３３秒　ー　実験がうまくいかないから、もう諦めて職探し！と見ているサイトは CraigsList 。

コメントの中で一番笑わせてもらったのは、

The concept of this work is excellent and it applies a very interesting approach to a long-standing problem. Unfortunately, though the work is very appealing, the figures well designed, and as a whole a pleasure to review, it does not actually result in any new insights or potential resolutions to the problem. Therefore this reviewer cannot recommend it for publication in Cell.

（この研究のコンセプトは秀逸で、長らく問い続けられてきた問題に非常に面白いアプローチを適用している。しかし残念ながら、この研究は非常に魅力的で、図版はよく練られており、全体として査読者冥利につきるのだが、この問題に、実際的な新しい見解や解決法をもたらすものではない。よって、この研究は Cell 誌掲載にふさわしいとは思えない。）

このコメント、論文の査読に付いてくる論調そのものなんですわ〜。うまい！

ヒ素バクテリアのこと

admin

NASA が「われわれの思い描く生命体の常識を覆すような全く新種のバクテリアが見つかった！」とニュース発表したあと二三日は、 Twitter のわたしの timeline はこの話題でもちきりだった。「このように科学の常識が覆されると、教科書を書き換えなくてはならない。紙の教科書では対応が間に合わない。やはり電子教科書を！」とかいう意見も多かったように思う。

わたしは当日に興味本位で Science のサイトでちらりと元論文（このリンクは Science Express のものなので、正式に紙面に発表されたらリンクが切れる可能性大。 DOI: 10.1126/science.1197258 で検索すると恒久的に見つかるはず。）を見たのだが、「これってリン (P) のかわりにヒ素 (As) を入れた培地でも生育できるってことは証明してるけど、本当に DNA のバックボーンが As で出来てる、とか、 ATP の代わりに ATAs を使ってる、とかそんな直接証明は全然ないやん。」というのが正直な感想だった。そのことでブログを書くかなあ、そのためには、ペーパー流し読みやなくて、ちゃんと読まなあかんなあ、でもこんな（普通の人にはどうでもええようなことに）水を差すようなこと書いてもしょうないかな、と思ってたら、世界中には同じようなことを思った人が山ほどいたらしく、今週の Nature News に論点のまとめが出ていた。

わたしはバクテリアに関しては単なるユーザー（実験を進める上で、大腸菌を使うことがしばしば必要になる）で、「微生物学」は専門ではない。専門家とユーザーの違いというのは、たとえばエクセルというプログラムを実際にプログラミングする人と、関数やマクロは使える程度の末端ユーザーくらいと思っていいだろう。その末端ユーザー的視点からデータを見た場合、妙にハイテクなデータとローテクなデータが混在していたのが最初の驚き。現在の微生物学業界でどの程度のデータの精度が要求されるのかよくわからないのだが、たとえばフェノール抽出で同位体ラベルした核酸とタンパクを分離する、などという実験方法でプロを納得させられるのか？ Chargaff とか Avery とかの時代じゃあるまいし？（そういや Chargaff や Avery の元論文、読んだことなかったな。原典にあたらずにこんなことを書くのは反則だが。）あとの方に出てくる X-ray 何たら解析とかいうのはわたしの理解の範疇を越えるハイテクデータだが、どうもデータが回りくどいように思える。普通の mass spec で DNA にヒ素が入ってるか、直接測れるはずだけど？

Nature とか Science とか、実は一部では「週刊誌」と呼んでいて（実際週刊だし）、センセーショナルだけど信憑性に疑問のあるペーパーが定期的に出るんだよね。このペーパーの原著者の方は、「これはちゃんと peer review を通ったペーパーなんだから、文句があったら（ブログやメディアなんかでワイワイ言ってないで、 peer review を受けた反対意見のペーパーで）正々堂々と勝負しろ」と言い、これに対して懐疑派は「派手に記者会見までやってマスコミを騒がせたのは自分らの方じゃないか」と憤慨してるとのこと。

わたしの結論: とりあえず現段階では教科書を書き換えるには時期尚早だろう。

Summer Student その後

admin

六月いっぱいで中国人のsummer studentがラボを去った。次は、同様の米中交換プログラムで別の大学で２ヶ月研修するのだそうである。研究か臨床かを選ぶ前にこういうプログラムで実体験ができるというのは、本当にうらやましい限りである。

さて、N=1という統計的には何の意味もないサンプル数だが、とりあえずこの２ヶ月の感想。

まず何よりも、英語がすごく巧くなった。来た当初は、何とか頑張れば英語で意思の疎通ができる程度だったのが、２ヶ月後にはものおじせず、何でも英語で話す。ちょっとしたおしゃべり（small talk）も大丈夫。本人いわく、いちばんの上達のきっかけは、アメリカ人のsummer studentだという。同世代だとやっぱりいろいろおしゃべりしやすいのだろう。ちなみにうちはインド人が多いのだが、インド人の英語は独特のアクセントがあって、まだまだ理解不能な部分が多いとのことだった。

サイエンスの面はいうと、こちらが渡した参考文献などをもとに自分なりにまとめ、人前で話すことができる程度には上達。質疑応答を完全にこなすレベルにはまだ時間が必要だと思うが、アメリカ人の学生が、「わからない質問には、That’s a very good question. と言ってごまかすんだ。」と教えてくれた、と笑っていた。

今の中国はものすごい競争社会で、このプログラムに選抜された彼ら、彼女らは受験戦争の産物。一人っ子政策の世代なので、皆、一人っ子。思うに両親、祖父母の期待を一身に集めて、子供の頃から受験勉強に邁進してきたのだろう。そのため、社会的にはわりとナイーブな感じも否めない。実験というのは、思ったようにいかないのが当たり前なのだが、どうもそれがフラストレーションの種であるような面も見受けられた。皆、優等生だから、言われた通りに勉強したのにうまくいかなかったなどというのは初体験なのかもしれない。

もうひとつ印象に残ったのは、彼ら、彼女らの消費欲。「どうせアメリカで売ってるものなんて、全部中国製なのに、なんでわざわざ買うの？」と聞いたら、中国製でもアメリカで買う方が安いとのこと。オマハのようなところでもなんとアップルストアがあるのだが、そこでiPadまで買ってるちゃっかり者もいた。不景気で消費の落ちているアメリカ経済を救ってくれるのは、消費に目覚めつつある中国の中産階級なのかもしれない。

Summer students 雑感

admin

現在、二人の summer students を預かっている。一人は中国人の医学部生。８週間アメリカのラボで研修し、帰国後の選抜に通れば、MD部分を中国で、PhD部分をアメリカで修了できるという大学間の国際交流プログラムで来た。もう一人は厳密には summer student ではなく、大学院の rotation student （アメリカ人）なのだが、学部を卒業したばかりなので、知識、経験の点では summer student とあまり変わらない。

我が身を振り返って見るに、研究をはじめた当初というのはとにかく決められたことをこなすのに精一杯で、果して自分がどの程度理解しているかなんて客観的に見ることはできなかったが、今回こうやって学生を二人並べてみると、いろいろと考えさせられることがあった。

一番大きいのは何と言っても言葉の問題。中国人学生は、おそらく同世代の日本人医学生よりは英語が上手なのだろうと思うが、それでも突然アメリカのラボに放り込まれた初日から新しいコンセプトを吸収し、実験を始めるには不十分である。こちらもまず、相手がどの程度の背景知識を持っているのか、今ひとつ図り知れないということもある。書いた物を渡せば、辞書とインターネットで理解できるようだけど、口頭での説明をどれほど理解できているのか？実験の要点は紙に書きながら説明し、新しい手技は実演して見せるようにしているけど、実験の背景、なぜこの実験系を選んだか、この実験系にはどのような特徴があるかなどは、こっちの怠慢もあって詳細には説明し切れていない。

一方のアメリカ人学生の方は、言葉が通じるというのはいかに有り難いことかと改めて認識させられるほど、説明が楽である。実験器具の名前から教える必要もないし、たいていのことは実演してみせなくても言葉で説明すれば用が足りる。

もちろん研究者としての将来性、長期的展望などというのは全く別のものであるが、アメリカでの研究生活の第一歩を踏み出すときに、英語とサイエンスの両方を初歩から学ぶのは相当な努力のいることだろうと改めて感じさせられた。

（自分の経験はというと、わたしは帰国子女でもないし、英語圏で学校教育を受けたわけでもないが、英語教育に関してはかなり特殊な状況で育っているので、あまり参考にならないと思う。）